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Ils comprennent le tiers des espèces décrites de champignons et l'énorme majorité de celles qui intéressent le plus
les mycologues amateurs. A part quelques unités, c'est parmi eux que l'on trouve les espèces comestibles, et aussi
des plus toxiques. De plus leur importance écologique et économique est considérable. En tant que mycorhiziens ils
contribuent à la croissance et au maintien d'une grande partie des forêts mondiales et par là à la production de
biomasse, bois en particulier. Bois que bon nombre d'autres se chargent ensuite de détruire. Quelques font l'objet
d'une culture et d'un commerce intensifs. Leur classification traditionnelle basée sur la structure de la baside
(hétéro ou holobaside), le type de basidiocarpe, d'hyménium... a été profondément bouleversée. Les recherches
phylogénétiques basées aujourd'hui non plus sur un seul mais sur plusieurs fragment de génome donnent des
résultats relativement solides. Il semble donc que l'on puisse accepter trois ensembles (classes) d'importances
inégales, Agaricomycètes, Dacrymycètes et Trémellomycètes.
TREMELLOMYCETES
C'est la classe qui paraît la plus proche de la souche commune des Basidiomycota. Les basides sont tétracellulaires
avec des cloisons plus ou moins complètes disposées longitudinalement ou obliquement (voir figure basides nº4).
Les basidiocarpes (quand ils sont présents) sont gélatineux. La phase haploïde est levuriforme.
Trémellales sont typiquement représentées par l'espèce commune Tremella mesenterica, c'est un mycoparasite
de Peniophora qui se rencontre sur bois mort. Il existe beaucoup d'autres espèces parasites sur des basidiomycètes
ou des Ascomycètes lignivores y compris des Lichens. Leur basidiome peut être très réduit.
Filobasidiales ne produisent pas de basidiocarpe. Ces champignons sont surtout connus par leurs formes levures :
Cryptococcus. L'une d'elle, C. neoformans, est un pathogène humain, très dangereux pour les immunodéficients.
DACRYMYCETES
Petit ensemble de d'espèces à basidiocarpes gélatineux de faible taille. La baside est unicellulaire prolongée de
deux longs srérigmates qui lui donnent un aspect fourchu (voir figure basides nº2), holobaside, hétérobaside ? C'est
comme l'on voudra ! Ce sont des décomposeurs de cellulose (pourritures brunes).
Un seul ordre, Dacrymycétales, exemples : Dacrymyces, Calocera.
AGARICOMYCETES
Parmi tout une série d'ordres dont les relations ne sont pas encore bien clairement définies se détachent deux
ensembles auxquels on donne le rang de sous-classes, les Agaricomycétidées et les Phallomycétidées. Restent un
certain nombre d'ordres pour lesquels il est encore difficile d'assigner une place exacte dans une phylogénie
générale. Un ensemble se trouve près de la racine des Agaricomycètes. Ce sont d'une part des hétérobasidiés,
Sébacinales et Auriculariales et d'autre part des holobasidiées, Cantharellales.
Sébacinales aux basidiomes réduits ou nuls avec basides renflées, subdivisées longitudinalement et surmontées de
4 épibasides allongées.. Elles jouent un rôle, longtemps méconnu mais important, dans la mycorhization de
nombreuses plantes comme les Orchidées ou les Ericacées.
Auriculariales, elles possèdent des basidiocarpes gélatineux, leurs basides sont typiquement cloisonnées
transversalement (figure basides nº5). Les genres Auricularia et Exidia sont bien connus.
Cantharellales, homobasidiées, comprennent les Cantharellus, Craterellus et aussi Hydnum, Clavulina. Le sort des
Tulasnellales, aux basides de forme particulière (figure basides nº3), n'est pas résolu, pour les uns cela reste un
ordre distinct alors que certaines analyses les incluent dans les Cantharellales.
Le deuxième ensemble est constitué de champignons homobasidiés, très souvent lignicoles aux basidiomes de
consistance coriace, parfois réduits « croutes ». On peut citer :
Corticiales
Polyporales : Polyporus, Fomitopsis, Laetiporus
Hyménochaetales : Coltricia, Inonotus, Phellinus
Téléphorales :Telephora
PHALLOMYCETIDEES
Elles ne correspondent pas exactement aux ex Gastéromycètes car ce regroupement concerne aussi des
champignons qui n'y étaient pas inclus et en exclu au contraire d'autres.
Phallales. Les basidiospores baignent dans une gléba mucilagineuse à odeur puissante (dispersion entomophile) (Phallus, Mutinus, Clathrus...)
Gomphales. Réunissent avec les Gomphus, des types aux morphologies très diverses : coraloïde (Ramaria), en massue (Clavariadelphus), hypogée (Gautiera)...
De plus deux nouveaux ordres sont créés :
Géastrales pour les familles des Géastracées, Sclerogastracées et Sphaerobolaceae
Hystérangiales, essentiellement hypogées.
AGARICOMYCETIDEES
Nous voici au cœur de l'essentiel de la matière des atlas de terrain, de ce qui intéresse le plus l'amateur
de champignons.
Russulales. Suivant les auteurs cet ordre est souvent considéré comme un groupe frère des autres
Agaricomycetidées. La famille des Russulacées est évidemment bien connue : Russula, Lactarius constituent une
part importante de la flore de nos sous bois. Oui mais, certaines espèces tropicales sont annelées ou ressemblent à
des pleurotes tandis que des formes souterraines (Gymnomyces, Macowanites, Zelleromyces) viennent se loger au
sein même de ces deux genres qui sont eux mêmes paraphylétiques. En effet les Russules du sous-genre Compacta
sont plus proches des Lactaires blancs (L. piperatus ...) que des autres Russules.
 Et puis la biologie moléculaire a révélé des parentés à priori peu évidentes avec d'autres familles :
Peniophoracées, Auriscalpiacées, Hericiacées, Stéréacées.... Ainsi sont inclus dans les Russulales des genres comme
Albatrellus, Amylostereum, Artomyces, Auriscalpium, Hericium, Heterobasidion, Peniophora, Stereum. A noter
que ces regroupements ne correspondent pas uniquement à des données biomoléculaires, on trouve de façon
presque générale chez ces champignons des spores amyloïdes et des lacticifères.
Agaricales. C'est l'essentiel des champignons lamellés mais pas seulement.car il y a aussi des formes gastroïdes ou
clavarioïdes.. On peut y distinguer 5 clades (rameaux) principaux :
Plutéoïdes : Plutéacées, Amanitacées, Pleurotacées.
Hygrophoroïdes : Hygrophoracées, Ptérulacées, Typhulacées.
Marasmioïde : Marasmiacées, Omphalotacées, Schizophyllacées...
Agaricoïdes : Agaricacées (inclus Lycoperdon), Strophariacées, Inocybacées
Cortinariacées... et d'autres formes gastroïdes : Nidulariacées, Hymenogastracées.
Tricholomatoïdes : Tricholomatacées, Lyophyllacées, Entolomatacées, Mycenacées...
Bolétales. On sait déjà qu'ils ne s'agit pas uniquement de formes charnues à hymenium poré. Ici aussi la biologie
moléculaire apporte des précisions mais qui méritent encore d'être approfondies. On distingue un certain nombre
de lignées bien individualisées (sous-ordres ou familles) :
Boletinées, famille des Boletacées autour des genres Boletus, Xerocomus, Porphyrellus, Chalciporus,
Phylloporus...
Suillinées : Suillacées Suillus, Gomphidiacées Gomphidius, Chroogomphus, Rhizopogonacées Rhizopogon.
Paxillinées : Paxillus, Melanogaster...
Sclerodermatinées : Gyroporus, Scleroderma, Calostoma, Pisolithus.
Hygrophoropsidacées : Hygrophoropsis.
Serpulaceae : Serpula
Coniophoracées : Coniophora.
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