Il n’est pas particulièrement surprenant de constater qu’un certain nombre de groupes qui possèdent un appareil
végétatif bien différent de la forme mycélienne classique (Myxomycètes, Acrasiomycètes, etc.) se trouvent sur des
branches distinctes. En revanche, deux lignées très éloignées possèdent une organisation typiquement fongique,
avec un appareil végétatif filamenteux à paroi solide (mycélium). Ce sont, d’une part, les Oomycètes (avec
quelques groupes voisins),et, d’autre part, ce que l’on peut désigner comme les « vrais » champignons
(Eumycetes, Fungi) qui constituent l’ensemble prépondérant dans les Holomycota.

- Ainsi, on se trouve devant un phénomène de convergence évolutive dans lequel deux lignées d’origines très
différentes ont pris des aspects morphologiques très voisins :

Les Oomycetes, dans lesquels se trouvent en particulier les Péronosporales, parasites végétaux responsables des
maladies connues sous le nom de mildiou, sont réunis avec tout un ensemble d’algues,
notamment les algues brunes. L’absence de chlorophylle n’y est pas un état primitif. Cette absence est secondaire,
ces « champignons » dérivent d’organismes primitivement chlorophylliens qui se sont adaptés à une vie hétérotrophe.

Holomycota: ils sont fort éloignés de tout ce que l’on incluait jadis dans le règne végétal, algues brunes ou
rouges ou plantes vertes. Ils ont une origine commune avec celle des animaux, avec lesquels ils sont réunis
sur la branche des Opisthocontes. Ils y partagent quelques caractères communs importants : possession d’un flagelle
unique postérieur quand il y a une phase cellulaire mobile dans le cycle (zoospore, spermatozoïde), Glycogène
comme réserve glucidique, présence fréquente de chitine. Ils ont eu ensuite des devenirs bien différents. C’est
dans ces Holomycota que se situent nos vrais champignons, les Eumycetes. Avant d’aller plus loin dans l’examen
de la classification des Eumycètes, puisque en définitive ce sont eux qui intéressent la majorité des mycologues, si
ce n’est la presque totalité des amateurs, il est nécessaire de faire quelques remarques.

- La séparation sur des branches éloignées de divers groupes de "champignons" rend totalement caducs certains
regroupements utilisés dans la mycologie classique. Tels sont les termes phycomycètes ou siphomycètes.

Les Phycomycètes, les"champignons-algues" rassemblaient tout ce qui posséde des cellules mobiles dans le
cycle, c’est-à-dire certains Eumycètes (Chytridiales par exemple) avec des Oomycètes (comme les
Péronosporales). Mais différences fondamentales, si les premiers sont des Opisthocontes avec un flagelle
postérieur, les seconds sont des Hétérocontes c’est à dire à deux flagelles inégaux, de plus leur paroi cellulaire est
cellulosique et non chitineuse, leur réserve glucidique est la Laminarine.

Les Siphomycètes comprenant les champignons dont le mycélium n’est pas cloisonné : là aussi on retrouve des
Oomycètes, qui étaient ainsi regroupés avec des Eumycètes comme les Mucorales. Donc, comme déjà dit
précédemment, ces termes ne recouvrent que des aspects morphologiques convergents apparus dans l’évolution à
plusieurs reprises dans des groupes différents. Leur signification n’a aucune valeur systématique réelle.